موسسه بهداشت معنوی با هدف مقابله دانش‌بنیان با “شبه‌جنبش‌های معنوی” فعالیت خود را از سال ۱۳۸۹ آغاز کرده است. راهبرد اصلی این مجموعه در مواجهه با این پدیده «روشنگری پیشگیرانه»
موسسه علمی-فرهنگی بهداشت معنوی در سال ۱۳۸۹ با هدف «مقابله دانش بنیان با معنویت های نوظهور (عرفان های کاذب)» به عنوان یک سازمان مردم نهاد در وزارت کشور ثبت شد و فعالیت خود را آغاز نمود. این مجموعه در راستای تاکیدات رهبر معظم انقلاب مبنی بر ضرورت مقابله با عرفان های کاذب و به همت جمعی از پژوهشگران حوزه علمیه قم شکل گرفت. بهداشت معنوی در مدت کوتاهی نقش پشتیبانی علمی بسیاری از نهادهای فرهنگی کشور را به عهده گرفت و با آموزش تخصصی به طلاب برگزیده توسعه یافت.
